با مطالعه زندگی آیت‌الله سید محمد حجت کوه‌کمره‌ای به آسانی می‌توان به این نكته پی برد كه ایشان به‌شدت نسبت به رجال حكومتی بی‌اعتنا بود. به عنوان نمونه هر وقت یكی از افراد مهم حكومتی و سیاسی وارد قم می‌شد، مرحوم حجت به بهانه‌های مختلفی از دیدار آنها اجتناب می‌نمود، این رفتار وی را می‌توان در برخورد با محمدرضا پهلوی مشاهده کرد که آیت‌الله حجت برای اجتناب از دیدار با او به یكی از روستاهای اطراف قم مسافرت نمود.
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ آیت‌الله سید محمد حجت کوه‌کمره‌ای از علمای به‌نام و مراجع بزرگ، در 29 دی 1331 دارفانی را وداع گفت. از مطالعه زندگی شخصی، علمی و اجتماعی این مرجع عالیقدر به آسانی می‌توان به این نكته پی ببرد كه ایشان به‌شدت نسبت به رجال حكومتی بی‌اعتنا بود. در عوض به فعالیت‌های علمی، دینی و اجتماعی بیشتر تمایل و گرایش نشان می‌داد. گرچه ایشان در برخی موارد نادر، در حوادث و مسائل سیاسی هم به اقتضای وظیفه شرعی خود اقدام و بی‌هیچ ملاحظه‌ای اظهارنظر می‌كرد، ولی اغلب دور از ارتباط مستقیم با حاكمیت بود و این خود روش سیاسی خاصی بود كه آن بزرگوار به اقتضای زمانه اتخاذ می‌كرد. البته رجال سیاسی ایران احترام او را مراعات می‌كردند، ولی او هرگز خود را به آنان نزدیك نساخت.
اجتناب از دیدار با محمدرضا پهلوی
آیت‌الله حجت به دلیل سیاست‌های رژیم پهلوی، همواره از تأیید و دیدار با مقامات این رژیم دوری می‌کرد. به عنوان نمونه هر وقت یكی از افراد مهم حكومتی و سیاسی وارد قم می‌شد، مرحوم حجت به بهانه‌های مختلفی از دیدار آنها اجتناب می‌نمود، معمولاً به زیارت مسجد جمكران می‌رفت و یا تمارض كرده، از خانه بیرون نمی‌رفت و كسی را هم نمی‌پذیرفت.
از این‌رو زمانی که محمدرضا پهلوی در اوایل سلطنت خود به قم رفت و سعی کرد با مراجع تقلید دیدار كند، رژیم برای تحقق این هدف در تلاش بود تا هر سه مرجع در یك ساعت در حرم باشند. مرحوم آیت‌الله حجت وقتی از این برنامه آگاه شد به حرم نرفت تا محمدرضا پهلوی را نبیند؛ عده‌ای از طلاب كه به زیارت مسجد جمكران رفته بودند، به حضور آیت‌الله حجت رسیدند و سخن از عدم ملاقات ایشان با شاه پیش آمد. آقای حجت با بی‌اعتنایی گفت: «چه تناسبی است بین ما و این بابا؟ شاه برای ما (روحانیت و حوزه) چه كرد كه با او ملاقات كنیم؟»
بی‌توجهی به مقامات دربار
رفتار آیت‌الله حجت با دیگر رجال سیاسی رژیم پهلوی نیز همانند برخوردش با شاه بود؛ و علی‌رغم اعلام آمادگی مقامات رژیم برای فرمانبری از دستورات آیت‌الله حجت، وی هیچ‌گاه به آنان روی خوش نشان نداد.
قوام‌السلطنه نخست‌وزیر وقت ایران، یك روز در هیئت وزیران، به تناسبی زبان به تعریف و تمجید از آیت‌الله حجت گشوده، گفته بود: «آیت‌الله حجت از موقعی كه به زعامت مسلمانان و حوزه علمیه قم رسیده با كمال وجهه و بزرگی مقام علمی و عملی، كوچك‌ترین درخواست و تقاضایی از دولت‌های وقت و دولت من نكرده‌اند، با اینكه همواره آماده اجرای فرمان و امر بزرگوارانه ایشان بوده و هستم».
فقط در سفرهای استعلاجی كه به تهران و شهرری داشته، وزرای دربار و نخست‌وزیران وقت (حكیم‌الملك، محمود جم، حسین علاء و ...) به دیدار وی موفق می‌شدند و در نهایت احترام و تكریم از آن مرحوم عیادت می‌كردند. در این ملاقات‌ها هم آیت‌الله حجت در واقع كراهت و ابا داشته كه با آن رجال سیاسی دیدار نماید. اما چاره‌ای نداشته و در محظور واقع می‌شد و ناخرسندی و ناراحتی درونی‌اش در گفتگو و دیدار با آنان از سخن و سیمایش ظاهر می‌گردید.
مبارزه منفی با فرقه‌های انحرافی
آیت‌الله حجت به دلیل تمایل روحی به آرامش و دوری از هیاهو، در دفع شر فرقه‌های منحرف و جلوگیری از گسترش آنان، شیوه‌ای مسالمت‌آمیز و منفی و در عین حال مؤثر و كارآمد داشت و تا حد ممكن از سر و صدا و مطرح‌كردن نام آنان پرهیز می‌كرد. ایشان اعتقاد داشت در دفع شر فرقه‌های منحرف، سروصدا راه‌انداختن و موضع‌گیری خشن و تبلیغاتی برضد آنان، خود نوعی مطرح‌كردن آنها و نقض غرض است. علاوه بر آن پیامدهای جانبی دیگری نیز دارد كه ممكن است به ضرر مسلمانان تمام شود و جامعه‌ی مسلمان را ناامن كند؛ بنابراین در برخورد با آنان و ممانعت از ترویج مرامشان، باید ظرافت‌های خاصی را اعمال نمود و تا حد ممكن باید از مبارزه‌ی منفی استفاده كرد.
در زمان مرجعیت ایشان، تعد‌ادی اندك از بهائی‌ها در منطقه‌ی شهرنو و ابرقوی قم پیدا و ساكن شدند. اهالی منطقه ناراحت شده، سر و صدا راه انداختند و كار به زد وخورد بین ایشان و بهائی‌ها كشیده شد. مردم خشمگین محل به خانه‌های بهائی‌ها آتش زدند و بالاخره آشوبی به‌پا خاست. در پی آن مسلمانان با احتمال وقوع حوادثی غیرقابل پیش‌بینی از سوی بهائی‌ها، نگران شدند و نوعی احساس ناامنی و خوف در بین آنان حاكم گردید.
یكی از شاگردان آیت‌الله حجت كه در آن محله زندگی می‌كرد و نگران اوضاع بود، وقتی نزد وی آمد، آیت‌الله كه از قضایا اطلاع داشت، از او پرسید: «شما هم در آن قضایا دست داشتید؟» او جواب منفی داد. آنگاه آیت‌الله حجت گفت: «ببینید راه دفع شر چند نفر بهائی و دور ساختن آنان از اجتماع مسلمین و طریق امر به معروف و نهی از منكر در این‌گونه موارد منحصر در آن نیست كه ما بیاییم هیاهو به پا كنیم و دست به آشوب بزنیم. راه‌های دیگری نیز هست كه می‌تواند مؤثر و مثمرثمر باشد».
بعد فرمود: «این چند نفر بهائی در آن محل، در خانه‌ای استیجاری زندگی می‌كنند شما بروید با صاحبخانه صحبت كنید تا قرارداد اجاره خانه‌اش را با بهائی‌ها به‌هم بزند و به مسلمانان اجاره بدهد، بدین‌گونه فتنه تمام می‌شود. اگر اجاره‌‌بهایش زیادتر باشد، من خودم قبول می‌كنم و مبلغ اضافی را می‌دهم. شما بروید با او صحبت نمایید و سعی كنید راضی شود، اما مواظب باشید كسی در بیرون، از این موضوع اطلاع نیابد».
آیت‌الله حجت به این شیوه آن غائله را خوابانید و فیصله داد. علاوه بر این وی بسیاری از مشكلات اجتماعی را به این طریق حل و فصل کرد.