حوزه علمیه نجف را می توان به واقع مهمترین حوزه علمیه شیعه در عصر غیبت کبری به شمار آورد. برخی این حوزه را در امتداد حوزه علمیه کوفه می‌دانند که پس از زمان امام صادق (علیه‌السلام) در نجف تداوم یافته است. بعضی دیگر معتقد هستند حوزه فقهی نجف از زمان شیخ مفید پایه‌ریزی شد. با این حال محقق بزرگ مرحوم حاج آقابزرگ طهرانی، مولف کتاب ارزشمند «الذریعه الی تصانیف شیعه» در مقدمه کتاب تفسیر تبیان تصنیف شیخ طوسی، عقیده دارد که قبل از هجرت شیخ طوسی به نجف اشرف، این مکان به خاطر وجود مر قد مطهر امام علی (علیه‌السلام)، محل علما و جایگاه دانش و معرفت بوده است. ولی حوزه علمیه و نظم و برنامه مرتب درسی و کوشش‌های حوزه ای از زمان هجرت شیخ طوسی به نجف شکل گرفته است.
پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی؛ حوزه علمیه نجف را می توان به واقع مهمترین حوزه علمیه شیعه در عصر غیبت کبری به شمار آورد. برخی این حوزه را در امتداد حوزه علمیه کوفه می‌دانند که پس از زمان امام صادق (علیه‌السلام) در نجف تداوم یافته است. بعضی دیگر معتقد هستند حوزه فقهی نجف از زمان شیخ مفید پایه‌ریزی شد. با این حال محقق بزرگ مرحوم حاج آقابزرگ طهرانی، مولف کتاب ارزشمند «الذریعه الی تصانیف شیعه» در مقدمه کتاب تفسیر تبیان تصنیف شیخ طوسی، عقیده دارد که قبل از هجرت شیخ طوسی به نجف اشرف، این مکان به خاطر وجود مر قد مطهر امام علی (علیه‌السلام)، محل علما و جایگاه دانش و معرفت بوده است. ولی حوزه علمیه و نظم و برنامه مرتب درسی و کوشش‌های حوزه ای از زمان هجرت شیخ طوسی به نجف شکل گرفته است.
شواهد و اسناد تاریخی گواهی می‌دهند که نخستین پایگاه علمی شیعه در نجف به دست مرحوم شیخ طوسی نهاده شده است. با رحلت شیخ صدوق که زعیم بزرگ شیعیان بود، مقام پیشوایی شیعیان به شیخ مفید رسید و در حقیقت مرکز دین و رهبری شیعیان و کانون حرکت‌های شیعی از ایران به عراق منتقل شد.
شیخ طوسی برای استفاده از محضر شیخ مفید، از ایران به بغداد مهاجرت کرد و از محضر او و شاگرد معروفش سید مرتضی بهره فراوان برد. بعد از رحلت شیخ مفید و سید مرتضی، زعامت شیعه به شیخ طوسی منتقل شد. انتقال مرجعیت شیعه به شیخ طوسی با سختگیری دولت سلجوقی علیه شیعیان بغداد مصادف شد. خود شیخ طوسی در مقدمه تفسیر تبیان می‌گوید کار بر شیعیان سخت شد و روزگار بر آنها تنگ آمد و مورد اذیت و آزار امرای سلجوقی قرار گرفتند. به طوری که خسارت‌های مالی و جانی سنگینی را متحمل شدند. این سختگیری فقط منحصر در مال و جان نبود، بلکه فشارهای اعتقادی نیز بر شیعیان می‌آوردند و به مراکز فرهنگی حمله می‌کردند. در این فتنه یکی از بزرگترین کتابخانه‌های بغداد به نام «مکتبه الشیعه» با ده‌ها هزار کتاب ارزشمند طعمه حریق شد. با وجود فشارهای سیاسی دولت سلجوقی بر شیعیان بغداد و مناسب نبودن شرایط علمی در بغداد، شیخ طوسی، نجف اشرف را به دلیل وجود بارگاه امام علی (علیه‌السلام) واینکه مناسب برای ایجاد حرکت علمی و دینی شیعه را دارا بود، انتخاب کرد و به نجف اشرف هجرت کرد. این هجرت سرفصلی جدید در حوزه‌های علمیه شیعه باز کرد و با تکیه بر تجارب خود، حوزه علمیه نجف را با محتوایی غنی پایه‌ریزی کرد.
اینکه حوزه نجف در سخت‌ترین روزگار استبداد و تعصب سلجوقیان احیا شده، نشان از اهمیت بلند و درایت و تأییدات الهی نسبت به شیخ در حفظ میراث تشیع داشته است. زیرا دوران آرامش شیعه بعد از اقتدار آل بویه به سرآمده بود و ترکان سلجوقی با تمام وجود با شیعیان در عناد بودند.
حوزه علمیه نجف تا زمان نواده شیخ طوسی همچنان پر رونق بود. تا اینکه در این زمان حوزه علمیه شهر حلّه مرکزیت پیدا کرد و به وسیله ابن ادریس حلی که محققی بزرگ و چهره‌ای درخشان بود رهبری و اداره می‌شد. پس از او، شخصیت‌های بارزی مانند محقق حلی و علامه حلی زعامت حوزه حله را به عهده داشتند و بدین جهت حوزه نجف دچار رکود و ضعف شد. البته این رکود منجر به تعطیلی کامل حوزه نجف نشد و اسناد فراوانی بقاء حوزه نجف در این دوره را اثبات می‌کند. از این‌رو به خاطر علل سیاسی و اقتصادی و فکری گوناگون، حوزه نجف در قرن دهم تا پایان قرن دوازدهم حرکت و نشاط خود را مجدداً بازیافت. متقابلا حوزه حله رونق خود را از دست داد و تدریس و تألیف کتب در زمینه فقه، اصول، تفسیر و ... در حوزه نجف رونق گرفت. به خصوص با وجود شخصیتی مانند مقدس اردبیلی، حوزه نجف قوت یافت. با اینکه در این زمان در حوزه‌های جبل عامل و حوزه علمیه اصفهان شخصیت‌های بارزی بودند و فعالیت علمی می‌کردند، ولی حوزه نجف در این زمان از قوت و حرکت قابل توجهی بهره‌مند بود و این دوره از دوره‌های قوت آن به شمار می‌آید. شاگردان مقدس اردبیلی نیز در اصول و فقه و همچنین علوم دیگر چون منطق، آیات الاحکام، تفسیر، عقاید و رجال نیز کتاب‌های مهمی نوشتند که حاکی از حیات علمی حوزه نجف در این دوره است.
به دنبال فشارهای سیاسی حکومت عثمانی بر علماء نجف و حوزه علمیه این شهر و نیز جریانات سیاسی نظامی آن دوره، در این زمان حوزه علمیه کربلا رونق گرفت. ولی با ورود مرحوم وحید بهبهانی و شاگردان او، حوزه نجف مجددا شروع به رشد علمی کرد. بعد از وفات مرحوم بهبهانی نیز شاگردان برجسته او همانند بحرالعلوم و شیخ یوسف بحرانی، دوره کمال و تحرک علمی و موفقیت‌های تحقیقی حوزه نجف را رقم زدند که از آن به عنوان دوره کمال علمی و نهضت علمی یاد می‌کنند. این دوره که از زمان مرجع بزرگ شیعه، سید بحرالعلوم، در قرن 13 ق شروع شد؛ با بزرگانی مانند شیخ جعفر کاشف الغطا و شیخ محمد حسن نجفی و شیخ مرتضی انصاری به اوج خود رسید.
در این دوره بزرگان زیادی در نجف به جهان اسلامی معرفی شدند و هرکدام به نوعی در تداوم حرکت علمی و رونق و شکوفایی حوزه علمیه نجف سهم داشتند. در این میان مرحوم کاشف الغطا در مکتب علمی و فقهی نجف جایگاه بالایی داشت و از افکار بلندی برخوردار بود. وی در بیدارگری جوامع اسلامی، نقش شایانی داشت. این مرجع شیعی از اختلافات مسلمین به شدت رنج می برد و سعی در حل و فصل آنها داشت. او به کشورهای لبنان، سوریه و ترکیه سفر کرد و در مبارزه با فرقه گمراه وهابیت نقش بسزایی داشت و در رد آنها نیز کتاب «الایات و البینات» را نوشت و در نشر و تبلیغ فرهنگ اسلام ناب محمدی (ص) کم نظیر بود.
حوزه نجف بعد از مرحوم کاشف‌الغطا که شاگرد برجسته مرحوم بحرالعلوم بود، همچنان به فعالیت علمی و دینی و سیاسی خود ادامه داد. کاشف الغطا خود نیز شاگردان برجسته‌ای تربیت کرد که محمدحسن نجفی صاحب جواهر کلام از همه معروف‌تر است. وی ولایت فقیه را از اصول فلسفه سیاسی اسلام دانسته و معتقد است که با این اصل، فقه شیعه تجسّم یافته است. او خود در آثارش اشاره می‌کند که این اصل یکی از اجزای جدایی ناپذیر فقه شیعه است و انکار آن به معنای نچشیدن طعم فقه است و بدون آن فقه معنا ندارد.
مرحوم صاحب جواهر ولایت و سرپرستی فقیه را منحصر در امور حسبیه ندانسته بلکه آن را در تمامی احکام فقهی و قوانین اجتماعی، سیاسی و اقتصادی اسلام ساری و جاری می دانست. خود نیز در زمان حیات استادش، مرحوم کاشف الغطا، در اجرای این اصل به کمک آن فقیه بزرگ شتافت و در مقابل حمله وهابیون ایستاد و موجب حفظ حوزه علمیه نجف از تهاجم آنان گردید. با پایان یافتن دوره صاحب جواهر نیز به رغم شرایط سیاسی و اجتماعی آن زمان و دخالت بیگانگان در امور کشورهای مسلمان، مکتب فقهی و علمی نجف توانست به رشد خود ادامه دهد و از حرکت علمی بازنایستد. چنانچه شخصیت‌های مهمی چون شیخ مرتضی انصاری، آخوند خراسانی، میرزای شیرازی، مرحوم نایینی، شیخ الشریعه اصفهانی و... از این حوزه سر برآوردند و یکی پس از دیگری مرجعیت و رهبری اسلامی را بر عهده گرفتند. آنان نهضت‌های علمی و فرهنگی و سیاسی را پدید آوردند و در مقابل چالش‌های فکری و سیاسی و اجتماعی بسیار مقاوم بودند تا جائیکه استعمار به خوبی دریافت که با وجود استوانه‌هایی چون میرزای شیرازی و با برقرار بودن حوزه‌های علمیه خصوصاً مکتب فقهی و علمی نجف، توان مقابله با اندیشه دینی و اندیشوران علوی را ندارد.
از آن زمان تا کنون حوزه نجف همواره در فرم دادن به اتفاقات و دخالت در سرنوشت آینده همه بلاد اسلامی، علی الخصوص شیعیان نقش بسزایی ایفا نموده و به عنوان یگانه مرکز دینی و علمی و فقهی همه قبایل و اقوام شیعی مذهبی که در سراسر جهان پراکنده‌اند شناخته شده است. از این رو فتواهایی که از علمای نجف صادر شده و می‌شود، برای همه و در همه زوایای زندگی الزام‌آور و واجب‌الاطاعه بوده و هست. به همین دلیل است که همواره حکومت‌ها توجه ویژه‌ای به شهر نجف و علمای آن داشتند.